Mae Emyr yn hanu o Fenllech, Ynys Môn. Astudiodd Ddaearyddiaeth ac Economeg ym Mhrifysgol Reading a chyflawnodd ei Ddoethuriaeth yn Adran Daearyddiaeth, Coleg Prifysgol Cymru, Aberystwyth.

Ar ôl gyrfa gychwynnol gydag Undeb Cenedlaethol yr Amaethwyr, ymunodd Emyr â'r Swyddfa Gymreig ym 1991 gan ymgymryd ag amrywiaeth o rolau gan gynnwys iechyd, cyllid, diwylliant a hamdden, a datblygu economaidd. O fewn Llywodraeth Cymru roedd yn Brif Weithredwr Swyddfa Cyllid Ewropeaidd Cymru, yn Gyfarwyddwr Cyfiawnder Cymdeithasol ac Adfywio, yn Gyfarwyddwr Cyffredinol Gwasanaethau Cyhoeddus a Llywodraeth Leol, ac yn Gyfarwyddwr Cyffredinol Addysg a Sgiliau. Yn 2012 penodwyd Emyr yn Brif Weithredwr Cyfoeth Naturiol Cymru, ac arweiniodd y gwaith o greu'r corff amgylcheddol newydd i Gymru a fu'n integreiddio gwaith y cyrff etifeddiaeth blaenorol. Ymddeolodd ar ddiwedd 2017.

Mae Emyr yn Gymrawd Prifysgol Aberystwyth ac wedi bod yn Gadeirydd y Cyngor ers 2018, ar ôl bod yn aelod o’r Cyngor ac yn Gadeirydd y Pwyllgor Archwilio a Risg yn flaenorol. Mae’n aelod o Fwrdd Corff Adolygu Cyflogau Athrawon Cymru ac o Fwrdd Estyn, ac mae hefyd yn aelod o Glas Cymru. Mae ei swyddi cyfarwyddwr anweithredol blaenorol yn cynnwys Ymddiriedolwr y Gymdeithas Alzheimer, lle bu hefyd yn Gadeirydd y Pwyllgor Archwilio a Risg.

Ers ymddeol, mae Emyr wedi ymddiddori’n fawr mewn treftadaeth a hanes lleol, yn enwedig ym Môn, ei sir enedigol, ac mae’n awdur ar nifer o lyfrau ac erthyglau. Mae’n aelod o Bwyllgor Cymdeithas Enwau Lleoedd Cymru ac yn aelod gydol oes o CADW. Mae Emyr yn siarad Cymraeg yn rhugl, yn byw yng Nghaerdydd, ac yn briod gyda dau o blant.